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• add() : AngleTriples , BondPairs , Charges , CNodePath , Collection , Connectivity , Dihedrals , FixedForce , FixedForceRegion , FixedSpring , NeighborList , NListed< A, P > , NListedVirial< A, P > , RandomForce , SCBoxed< A, P > , SimpleListed< A, P > , SoftWall , SoftWallCylinder , SubGroup
• add_constraint() : Collection
• add_edge() : Connectivity
• add_forced() : AngleTriples , BondPairs
• add_interaction() : Collection
• add_omega() : AtomGroup
• add_pair() : PairList
• add_tracker() : Collection
• add_velocity() : AtomGroup
• affine() : LeesEdwardsBox
• all_pairs() : Grid
• angle() : Vector2< T > , Vector3< T >
• AngleGrouping() : AngleGrouping
• AngleTriples() : AngleTriples
• angular_momentum() : AtomGroup , Collection
• apply_force() : SCPair
• apply_forces() : Constraint , CoordCOMConstraint , CoordConstraint , DistConstraint , LinearConstraint , RelativeConstraint , RigidConstraint
• apply_positions() : Constraint , CoordCOMConstraint , CoordConstraint , DistConstraint , LinearConstraint , RelativeConstraint , RigidConstraint
• apply_velocities() : Constraint , CoordCOMConstraint , CoordConstraint , DistConstraint , LinearConstraint , RelativeConstraint , RigidConstraint
• Array() : Array< T, N >
• as_packing() : pyparm.packmin.Minimizer
• atom_list() : NListed< A, P > , SCBoxed< A, P > , SimpleListed< A, P >
• AtomID() : AtomID
• AtomIter() : AtomIter
• AtomRef() : AtomRef
• AtomVec() : AtomVec